L'origine de la bibliothèque du Muséum remonte à 1832, sur la proposition de François-Jules Pictet-de la Rive, qui fit don, à cette occasion, d'une somme importante destinée à l'acquisition de livres. L'origine de la bibliothèque du Musée d'histoire des sciences remonte à la création de ce musée en 1964. Les bibliothèques spécialisées sur les oiseaux et les chauves-souris ont rejoint la collection entre les années 80 et 90.
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